浅水藕水层管理总的原则是：前浅、中深、后浅。在栽藕后到立叶出现时的萌芽生长期，应保持浅水，以提高土温，促进发芽。一般是以保持4～7厘米深的水层为好，随着立叶的出现，莲藕茎叶生长逐渐转旺，水层要逐渐升高到12～15厘米。当终止叶出现后，表明开始结藕，水层要逐渐降低到4～7厘米，促进结 藕。深水藕的水位不易调节，主要是防止汛期受涝，特别是立叶淹没后，应在8小时内紧急排水，使荷叶露出水面，以防淹死。

在莲藕生长过程中，尤其是浅水藕生长前期，水田内眼子草、牛毛毡、矮慈菇、三棱草、四叶萍等杂草较多，生长较快，影响莲藕生长，应及时除草。以前常采用人工中耕除草，工作量大，并且容易踩伤莲藕地下茎芽。如果采用化学除草，省工、省力，并且对莲藕无伤害。